O Regimento Escolar e o Plano Escolar do Colégio Mesquita guiam o funcionamento da instituição de forma complementar. O Regimento define as normas internas, os critérios de avaliação e os direitos e deveres de alunos, famílias e educadores. Já o Plano Escolar organiza o planejamento anual, detalhando o calendário letivo, as metas pedagógicas e os projetos que serão executados ao longo do ano.